神社の系統は、御祭神や歴史的背景によって分類されます。ここでは一定以上の社数がある神社の系統について、社数や御祭神、総本宮などについてまとめています。
| 神社の系統 | 社数 | 御祭神・ご利益 | 総本宮 | 主な神社 |
|---|---|---|---|---|
| 八幡系 | 7817社 | 応神天皇 | 宇佐神宮 | 石清水八幡宮 鶴岡八幡宮 筥崎宮 |
| 伊勢系 | 4451社 | 天照大御神 | 伊勢神宮 | 伊勢神宮 |
| 天神系 | 3953社 | 藤原野道真 | 太宰府天満宮 | 北野天満宮 大阪天満宮 |
| 稲荷系 | 2924社 | 五穀豊穣 商売繁盛 家内安全 | 伏見稲荷大社 | 伏見稲荷大社 豊川稲荷 笠間稲荷神社 |
| 熊野系 | 2693社 | 自然崇拝 | 熊野本宮大社 | 熊野本宮大社 熊野速玉大社 熊野那智大社 |
| 諏訪系 | 2616社 | 建御名方神 八坂刀売神 | 諏訪大社 | 上社本宮 下社春宮 |
| 祇園系 | 2299社 | 牛頭天王 須佐之男 | 八坂神社 | 須賀神社 八雲神社 |
| 白山系 | 1893社 | 菊理媛尊 | 白山比咩神社 | 白山比咩神社 |
| 日吉系 | 1724社 | 大山咋神 | 日吉大社 | 日吉大社 |
| 山神系 | 1571社 | 大山祇神 大己貴命 | 大山祇神社 | 日吉神社 太平山三吉神社 |
| 春日系 | 1072社 | 武甕槌命 経津主命 | 春日大社 | 枚岡神社 鹿島神宮 |
| 愛宕系 | 872社 | 火産霊命 | 愛宕神社 | |
| 三島・大山祇系 | 872社 | 大山祇命 | 大山祇神社 | 三嶋大社 |
| 鹿島系 | 604社 | 武神 | 鹿島神宮 | 鹿島神宮 |
| 金毘羅系 | 601社 | 海の守護神 | 金刀比羅宮 | 金刀比羅神社 |
| 住吉系 | 591社 | 住吉三神 | 住吉大社 | 住吉神社 |
| 大歳系 | 548社 | 大歳神 | 葛木御歳神社 | 大歳神社 |
| 厳島系 | 530社 | 杵島姫命 | 厳島神社 | 宗像大社 |
| 貴船系 | 463社 | 高龗神 | 貴船神社 | 貴布禰神社 |
| 香取系 | 420社 | 経津主大神 | 香取神宮 | 亀戸香取神社 |
| 恵比寿系 | 408社 | 蛭子神 事代主命 | 西宮神社 | 美保神社 |
| 浅間系 | 397社 | 木花咲耶姫命 | 富士山本宮浅間大社 | 河口浅間神社 |
| 秋葉系 | 362社 | 火之迦具土大神 | 秋葉山本宮秋葉神社 | 秋葉三尺坊大権現 |
| 荒神系 | 317社 | 荒神 | 川上三寶荒神社 | |
| 賀茂系 | 277社 | 賀茂別雷命 玉依媛命 | 賀茂別雷神社 賀茂御祖神社 | 下鴨神社 |
| 水神系 | 277社 | 高龗神 | 丹生川上神社 |
